2006年、Hondaの第3期F1活動に大きな節目が訪れた。38シーズンぶりの、完全ワークスチーム復活──。
2000年のエンジンサプライヤーとしてのF1復帰以来、HondaはB・A・Rチームとともに戦ってきた（01〜02年はジョーダンにもエンジン供給）。チームとの連携を深めていくなかで、Hondaは次第にギヤボックス関連を中心に車体面の開発にも力を注ぐようになっていたわけだが、06年シーズンに向けてB・A・Rを傘下へと収め、「Honda Racing F1 Team（HRF1）」に移行させたのである。
Hondaがこうした動きを採った背景には、当時のF1界の2つの潮流が影響していた。まずひとつは、もともとタバコ資本で成立したチームであるB・A・Rが、欧州を中心に強まりつつあったタバコ広告規制の問題に直面していたことだ。“B・A・R Honda”には、タバコ資本からの脱却を段階的に進める必要があった（06年の正式なエントラント名はLucky Strike Honda Racing F1 Team。翌07年からHonda Racing F1 Team）。
そして当時のF1界もうひとつの潮流、こちらの方がHRF1誕生の理由としてはより大きかったと思われるが、21世紀初頭は日欧の自動車メーカーがF1への技術的・資金的な関与を極めて強くしていた時期だった。ルノーが02年からベネトンをワークス化、トヨタも02年から完全ワークスチームで参戦中、メルセデスもマクラーレンとの提携関係を強化していた。そしてHondaと同じく00年からエンジンサプライヤーとして復帰したBMWも、05年まではウィリアムズをパートナーとして戦っていたが、06年シーズンに向けてザウバーを完全ワークスチームとすべく傘下に収めている。勝つためには自動車メーカーとしての総力を挙げての参戦体制に移行するのが必然だった。まして、第3期のHondaは参戦6年を経過して未だ勝ち星なし。F1界の潮流はともかく、抜本的な改革策を講じるべき時期でもあったといえよう。
こうして、1964〜68年の第1期活動以来のオールHonda、“ホンダ・ホンダ”が復活した。
チーム本拠は引き続き英国のブラックレー。使用タイヤもミシュランで変わらず。レースドライバーは、ジェンソン・バトンが残留、そして新たにフェラーリからルーベンス・バリチェロが加入した。サードドライバーはアンソニー・デイビッドソン。なお佐藤琢磨は新規参戦チームでHonda製エンジンを搭載するスーパーアグリに移籍している。