出場停止から復帰2戦目のカナダGPではバトンが22戦ぶりのポールポジションを獲得し、琢磨も6番手グリッドを獲得するなどさらに速さを増したが、結果は両者リタイア。次こそはと臨んだ第9戦アメリカGPはF1史に残るミシュランユーザーの決勝レースボイコット事件で事実上の不参加。歯車が噛み合わないまま、シーズンは進んでいく。

結局、チームがこのシーズン初めてのポイントを獲得するのは、なんと第10戦フランスGPとなってしまう。バトン4位。バトンはこの後安定した成績を残し続け、以後全戦入賞。2回の表彰台とフロントロウも獲得した。

しかし琢磨の狂った歯車は、シーズン中ずっと狂ったままだった。第13戦ハンガリーGPでようやく8位入賞を果たしたものの、結局このシーズンのポイントはこの1点のみ（当時の入賞は8位までだった）。予選順位はまずまずなのに、レースとなるとマシントラブル、給油トラブル、予選タイム抹消……と様々な不運が琢磨を襲った。その焦りからか、ベルギーGPではミハエル・シューマッハーに追突し、鈴鹿のシケインではヤルノ・トゥルーリと接触して失格となってしまうなど、自らミスも招いた。「悪い状況から脱出しようとして、もがいて、力の入れ具合がよく分からなくなって」と、琢磨はシーズン終了後に語っている。

2005年、B・A・R Hondaのコンストラクターズランキングは前年の2位から6位まで下がってしまった。とはいえ、栃木の本田技術研究所で開発されたシームレスシフトギヤボックスなど技術的に光る部分があったこともまた確かである。出場停止など、様々な逆風に見舞われながらも、シーズン終盤までにはトップクラスのマシンへと返り咲いた開発力も、目を見張るものがあった。しかし開幕時点での開発の遅れ、そして開発目標値の設定ミスが最後まで尾を引いてしまい、マクラーレンやルノーといったトップコンテンダーに追いつくことはなかった。そんな苦悩の年を戦うという運命を背負ってしまったのが、B・A・R Honda 007であった。