ドイツGP直後のテストに、マクラーレンはチーム初のセミオートマ搭載車をセナのために用意する（それも2種類）。セナは「セミオートマはドライビングを驚くほど容易にしてくれる。一度使ったらもうマニュアルには戻りたくない」と絶賛。1週間後のハンガリーGPには、すでに実戦投入しているフェラーリやウイリアムズとは異なる圧搾空気式のセミオートマを実戦テストも兼ねて持ち込むが、金曜のフリー走行でスピンを喫したことで従来のマニュアルに戻してしまう。これ以後、MP4/6の実戦車にセミオートマが搭載されることはなかった。しかし連敗中だったマクラーレンの流れが好転し始めたのが、そのハンガリーGPからだった。Hondaの創始者、本田宗一郎の逝去直後でもあり、弔い合戦となったこのレースにHondaは新型エンジンを投入。それに合わせてシェルも特殊燃料を開発した。マクラーレンも軽量シャシーを投入した。結果的にハンガリー、ベルギーと連勝し、マンセルとウイリアムズに傾きかけた流れをギリギリで食い止めたのだ。

イタリア、ポルトガル、スペインとまたウイリアムズ勢に巻き返されるも、ヨーロッパラウンド初期のような完敗という内容ではなかった。さらにマクラーレンの技術部門はシャシーへメスを入れる。日本GP直前にはノーズの先端を延ばした新型シャシーを投入。これによって空力性能は飛躍的に向上し、鈴鹿ではマクラーレンが圧勝。セナとベルガーは完全にレースを支配し、セナが3度目の戴冠を決めた。しかし、最強の名を欲しいままにしていたMP4シリーズの魔法はもう終わりを迎えていた。最終戦オーストラリア、マクラーレンは豪雨で打ち切りとなった史上最短レースを1-3フィニッシュで飾り、4年連続のダブルタイトルを決める。だが、結果的にこのレースで走ることはなかったが、ウイリアムズがＴカーとして『アクティブサスペンション』搭載車をスタンバイさせていたことを触れないわけにはいかない。ターボ全盛期のようにパワーだけで勝てる時代は過去の遺物となり、シャシーとエンジンが互いの利点を生み出す『トータルパッケージ』の時代がもう目前まで来ていたのだ。80年代後半から90年代序盤にかけ、一時代を築いたマクラーレンはこの翌年にHondaを失い、2年後にはセナもチームを去って、49戦未勝利という長い冬の時代を迎えることになる。セナは92年の契約をマクラーレンと更新した際にこんな言葉を残している。「僕は日本人を大変尊敬している。彼らの暗黙の感情を理解している」と、Hondaの存在が契約更新の大きな鍵を握っていたことを肯定した。セナの3度の戴冠はすべてがHondaのエンジンによるもので、それを決めた場所もすべて鈴鹿だった。