セナが初めてMP4/6と対面したのは、開幕戦を直前に控えたエストリルテストでのこと（それまでは僚友ゲルハルト・ベルガーが旧車にV12エンジン等を載せた暫定車MP4/5Cでのテストを繰り返していた）。休暇明け早々で新車に乗り込んだセナは、いきなりパワー不足を訴え、エンジンの馬力向上を求めた。

それまでのMP4シリーズの「流儀」とも言えたプルロッド式のフロントサスペンションが、プッシュロッド式に変更されたことがMP4/6最大の特徴である。これによってシャシー剛性とエアロダイナミクスの向上が図られた。シーズンを通して、フロントサスは3バージョンが投入されている。左右のベルクランクから伸びるロッドが、それぞれ独立してアンチロールバーに接続されていたバージョン1。バージョン2は左右のロッドを繋いだバーを介してアンチロールバーを作動させるもの（この派生作として、ドライバーが運転中にライドハイトを調整できる装置も開発）。バージョン3では左右の異なる形状のベルクランクを連結させることでアンチロールバーを排除し、左右のサスを連結させることでロールを制御する装置となった。全体的にMP4/5Bと比べて大柄に見えたのは、エンジンがV10からV12となって燃料タンク等の容量の増加が影響している。ホイールベースはMP4/5Bより40mmも伸び、丸みを帯びたサイドポンツーンはフェラーリ641/2を彷彿とさせた。